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1958年5月19日，中共上海市委决定，"上海科学技术大学"(简称上海科技大学)由中国科学院上海办事处(后改为中国科学院上海分院)负责筹建和主办，受上海市科学技术委员会领导。5月23日，筹备上海科学技术大学委员会成立。9月，筹建中的科技大学以"中国科学技术大学上海分校"的名义对外招生，首届新生委托复旦大学、上海交通大学、华东师范大学、华东化工学院、上海第一医学院、中国科学技术大学、浙江大学、长春光学精密机械学院等高校代培两年。

1959年5月，上海科学技术大学获批欧阳路221号临时校址。7月1日启用校印。9月14日正式挂牌。上海科技大学主要科系由中科院在沪各研究所帮助创建，部分系主任曾由中科院在沪研究所所长或副所长兼任。首任校长是中科院上海分院副院长周仁。1960年9月迁入嘉定城中路20号新校址。

1959年2月，上海计算技术学校由上海市复旦中学高中部改组而成，中专建制，临时校址设在复旦中学，同年10月改为上海第二科学技术学校。1960年2月迁入嘉定东门新校址。1961年2月和7月，上海电子学校和上海计量学校先后并入。

1959年3月5日，上海中国画院(筹)附设中等美术学校成立，同年5月改为上海市美术学校。1960年9月升格为上海市美术专科学校，本科建制，设中国画、油画、雕塑、工艺美术四个系，另设中专部，又招收预科班。1962年8月，大部分预科学生并入上海市轻工业学校和上海纺织工业学校。1963年至1965年，上海市美术专科学校、上海市美术训练班(大专性质)、上海市美术学校三校并存。1965年7月，唯一一届本科生毕业，国画系主任回画院，上海市美术专科学校停办;同年8月，油画系、雕塑系全部教师并入新组建的上海油画雕塑创作室(现上海油画雕塑院)，学校重新改为中专建制的上海市美术学校。

1960年3月，上海市开始筹建上海工业师范学院。7月，改设上海工学院筹备处。9月30日，上海工学院举行成立大会暨开学典礼。院址设在闸北延长路149号。

1961年2月，上海市通用机械制造公司系统的合营厂--蔡万兴机器厂以及上海市仪表电讯工业局系统的长城电工仪器厂并入上海科技大学。

1966年2月，中共上海市委批复市委教育卫生部，统一在安徽省歙县雄村、航埠、山湾3个自然村选址创办上海理工学院(对外称青年耕读学校)，由上海科技大学、上海师范学院和上海工学院3所地方院校负责筹建。翌年12月，上海市革委会命令停建。之后，大部分已建成的校舍连同部分固定资产均无偿赠送给当地人民公社。从上海抽调去的教职工在"文革"开始后返回原校。

1968年4月，上海第二科学技术学校更名为上海科学技术学校。1970年11月，与上海仪表电讯工业半工半读专科学校、上海医疗器械工业专科学校、上海无线电工业学校在嘉定东门校址合并成立上海电子专科学校。

1968年9月，上海科学技术大学从科学技术系统(时称上海市革命委员会科学技术组)划出，改为隶属文教系统(时称上海市革命委员会文教组)，与中国科学院上海分院割断了关系。

1972年4月，上海工学院撤销建制，并入上海机械学院(现上海理工大学)，原工学院院址成为上海机械学院总部。

1973年1月，上海科技大学生物物理化学系调入原华东化工学院(现华东理工大学)。

1975年5月，上海电子专科学校改为上海市仪表电讯工业局"七·二一"工人大学。

1978年6月，上海市革委会决定复办上海第二科学技术学校;同年10月，改制为上海科学技术大学分部。

1978年7月，上海科技大学与科技系统恢复了联系。

1978年12月，上海科技大学、上海机械学院分别开始招收研究生。

1979年1月，恢复上海工学院原建制，成立上海工业大学，后被确立为上海市属重点大学

1978年11月，华东师范大学仪表电子分校、上海科技大学分校、上海外国语学院分院建立。12月，上海机械学院轻工分院建立、复旦大学分校建立。

1980年9月19日，上海工业大学、上海科技大学、上海师范学院、上海第二医学院、上海中医学院等5所地方高校成立上海市5所高等院校交流委员会，促进学术交流和协作活动。

1981年9月19日，上海市地方6所高等学校即上海师范学院、上海工业大学、上海科技大学、上海第二医学院、上海农学院和上海中医学院组成的对外交流委员会，发展与国外高等学校和科技界的联系。

1981年，上海科技大学划归上海市高等教育局管理，并被确立为上海市属重点大学。

1981年11月26日，上海科技大学被国务院批准为全国首批151个具有博士、硕士学位授予权的单位之一，博士点学科为电磁场与微波技术。同日，上海工业大学获批为全国首批358个硕士学位授予单位之一。

1981年12月，上海科技大学分部更名为上海科技专科学校。明确以上海科大分部名义招生入学的学生毕业仍发上海科大分部毕业证书。校门同时挂"上海科技大学分部"和"上海科技专科学校"两块校牌。

1983年5月10日，教育部下发《关于增设海南大学等五所高等学校和筹建计量测试专科学校的通知》【(83)教计号079】，其中包括批准设立"上海大学"，《通知》指出:新设立的上海大学设中文、秘书、左边法律右边、社会学、图书馆与档案学、政治学、历史学、物资管理、商业经济、对外贸易、应用外语、无线电技术、仪表、电信、机械、计算机等十六个专业，为综合性大学。学制分为四年制本科和二、三年制专科两种，学校规模五千人。上海大学实行收费、走读。实行学分制、不设助学金、不实行公费医疗，国家不包分配、实行择优录用的制度，由上海市人民政府领导。

1983年5月28日，上海市教卫办党委决定成立上海大学筹备组;翌月，上海大学筹备组正式开始工作。6月10日，召开上海大学筹建大会，宣布学校由校部和五个学院组成，五个学院分别是，原复旦大学分校改为上海大学文学院;原上海机械学院轻工分院改为上海大学工商管理学院(1986年4月改为上海大学商学院);原上海外国语学院分院改为上海大学外国语学院(1985年6月改为上海大学国际商业学院);原华东师范大学仪表电子分校和上海科技大学分校以及上海机械学院轻工分院的机械、电子两个专业合并为上海大学工学院;原上海市美术学校改为上海大学美术学院。7月12日，上海市人民政府批转市政府教卫办关于筹建上海大学若干问题的请示的通知。9月1日，上海大学在校部正式挂牌;同月，各学院也正式挂牌。学校重大事情由校部决定;学院具有相对独立性，有些事情可以直接对外。各学院校舍原址均系中小学。建校初期，全校占地面积仅有65.2亩，校舍建筑面积.5平方米。

1984年，上海工业大学的固体力学学科获得全国第二批博士学位授予权。

1989年2月，上海科技大学首次招收外国博士留学生--招收巴基斯坦来华博士生7名(英语授课)。

1991年，上海工业大学获批设立首个博士后流动站--固体力学博士后科研流动站。

1993年2月，上海科技专科学校更名为上海科技高等专科学校。

1993年4月，上海左边法律右边高等专科学校并入上海大学，与上海大学文学院左边法律右边系合并成立上海大学法学院。9月，随着占地144.645亩的梅陇校区(今上海戏剧学院莲花路校区)建成，上海大学商学院和上海大学国际商业学院合并成立上海大学国际商学院。

至1994年并校前，上海大学7个校区占地面积总计达293.53亩，校舍建筑面积达平方米。

1994年5月27日，上海科学技术大学、上海工业大学、上海科技高等专科学校、上海大学合并组建为新的上海大学，并举行成立大会;原上海工业大学校址成为上海大学延长校区，原上海科技大学校址成为上海大学嘉定校区，原上海科技高等专科学校校址成为上海大学嘉定东校区，原上海大学7个校区历经变迁，保留新闸路教学点;同时，上海大学研究生部成立。当年四校合并时，上海大学有教职工7700余人，其中中国科学院院士2人，博士生导师19人，正副教授(研究员)近1000人;设有博士后流动站1个，二级学科博士学位授权点9个，二级学科硕士学位授权点37个，本科专业66个，专科专业30个;在校本、专科生人，博士、硕士研究生489人，在校留学生200余人;已有22个学科被评为上海市高教系统重点学科，另有市、局属研究所12个，市级重点实验室3个。

1997年6月，上海大学犹他科技学院变更为上海师范大学犹他科技学院。

1999年9月12日，举行上海大学宝山校区启用暨开学典礼。

2001年4月，上海大学嘉定东校区改建为上海科学技术职业学院。

2004年9月，原上海大学法学院改建为上海政法学院。

2009年，学校被列入国家建设高水平大学公派研究生项目。

2013年10月25日，上海大学研究生院正式成立。